Kościół, który jak matka gromadzi wszystkich wierzących, zawsze był objawieniem tajemnicy pojednania grzeszników z Bogiem i bliźnimi. Już w Sakramentarzu Gelazjańskim (VIII wiek) znajdują się zapisy na temat pokuty rozumianej jako powrót na matczyne łono Kościoła. W tych liturgicznych tekstach grzesznik ukazany był jako ten, który oderwał się od niego, a zbawcze działanie Kościoła pozwalało mu na nowo do niego powrócić. Istotnym znakiem tego procesu jest ołtarz – miejsce odkupieńczej ofiary Chrystusa na krzyżu. W rycie pojednania wyraźnie było widać odniesienia do przejścia ze śmierci do życia, jakie występuje także w obrzędach chrzcielnych. Grzesznik odzyskiwał utraconą godność i na nowo miał przystęp do źródła łaski.
W Kościele łacińskim od VI wieku odnotowuje się tendencje do praktykowania spowiedzi niepublicznej (indywidualnej), a od IX wieku znajdujemy już kanony, które umiejscawiają ją w kościele. Mnisi iroszkoccy upowszechnili w całej Europie praktykę spowiedzi taryfowej, czyli korzystania ze specjalnych opracowań penitencjarnych (Liber poenitentialis), które za poszczególne grzechy wyznaczały konkretne praktyki pokutne i czas ich trwania.
Sobór Laterański IV w 1215 roku zobligował wiernych do odbycia przynajmniej jednej spowiedzi w ciągu roku. Na te czasy datuje się także powstanie pierwszych siedzisk (łac. sedie), na których zasiadał kapłan słuchający spowiedzi. Był to prototyp konfesjonałów. W połowie XIV wieku, wśród franciszkanów obserwantów (OFM), pojawiły się cellulae, czyli specjalne pokoje, w których spowiadano na osobności. Na początku XV wieku ustabilizowała się forma spowiedzi odbywanej przy krześle (sedia). Było ono wciąż jeszcze ruchome, tzn. nieumiejscowione na stałe w kościele. Pomiędzy penitentem (spowiadającym się) a penitencjarzem (kapłanem spowiadającym) znajdowała się drewniana przegroda z okienkiem, które było zakratowane lub posiadało perforowaną zasłonę wykonaną z różnych surowców. Umożliwiało to nawiązanie dialogu, a jednocześnie ograniczało rozpoznawalność penitenta. Co ciekawe, kobiety miały się spowiadać w kościele w dobrze widocznym miejscu, a nie w prywatnych pomieszczeniach.
Sobór Trydencki (1545-1563) skoncentrował się na wykładni dogmatycznej sakramentu pokuty, czego konsekwencją było usankcjonowanie i precyzyjne określenie lokalizacji jego sprawowania. Liczba konfesjonałów w świątyni została uzależniona od liczby spowiedników i typu kościoła (zakonny czy diecezjalny, katedra czy sanktuarium – te ostatnie dawały większą możliwość uzyskania odpustów). Miały być one ustawione wzdłuż nawy bocznej, z wyraźnym podziałem na miejsca, gdzie spowiadano kobiety, a gdzie mężczyzn. Należało oznaczyć ten konfesjonał, w którym spowiadał proboszcz, oraz te, w których siadali pozostali kapłani.
Konfesjonały zgodnie ze wskazaniami św. Karola Boromeusza zamieszczonymi w Instructiones fabricae et supellectilis ecclesiasticae (rozdz. XXIII) powinny być wykonane z drewna orzechowego lub innego, posiadać określone wymiary oraz klęczniki dla osoby spowiadającej się, a nawet podpórki pod ramiona. Ponad przegrodą oddzielającą penitenta od penitencjarza należało umieścić wizerunek Ukrzyżowanego zwrócony w stronę spowiadającego się. Od jego strony miał znajdować się tekst Aktu żalu, natomiast od strony spowiednika – tekst rozgrzeszenia oraz niektóre kanony spowiednicze, zwłaszcza te kazusy, których rozgrzeszanie było zarezerwowane władzy biskupiej albo Stolicy Apostolskiej. Zabraniano umieszczania jakiejkolwiek skrzynki na ofiary, by uniknąć skojarzenia z symonią, czyli podejrzeniem, że ktoś kupuje sobie łaskę przebaczenia.
