Z nawy głównej wkraczamy do prezbiterium (od gr. presbýter – starszy), czyli do wyodrębnionej w architektonicznej strukturze kościoła części przeznaczonej dla duchowieństwa – co zresztą sugeruje sama etymologia nazwy. Tu sprawuje się sakramenty i głosi słowo Boże. Na przestrzeni wieków prezbiterium podlegało licznym modyfikacjom, którym spróbujemy pokrótce się przyjrzeć. Zmieniano jego rozmiary, kształt oraz wysokość względem nawy głównej. Najczęściej wieńczyła je absyda, czyli półkolista lub wieloboczna ściana o głębokiej wymowie zarówno teologicznej, jak i społecznej. Rzadziej zamykała je prosta ściana. W prezbiterium znajduje się ołtarz – serce chrześcijańskiej świątyni. Analiza historyczna wykaże jednak, że przestrzeń przeznaczona dla prezbiterów nie zawsze pokrywała się z miejscem, w którym lokalizowano ołtarz, stąd często bezpieczniej posługiwać się szerszym terminem „sanktuarium”.
Pierwsze syryjskie kościoły, które – zdaniem Luisa Bouyera – stanowią archetyp kościoła, przypominały chrześcijańską wersję synagogi. Wszystko, co dotyczyło liturgii słowa, odbywało się na bimie (z hebr. „podwyższenie”), stojącej niegdyś pośrodku synagogi, a teraz – pośrodku nawy głównej. W zwieńczeniu świątyni znajdowała się absyda, która – skrywając za zasłoną już nie Arkę wraz z księgą Tory, lecz stół będący ołtarzem – zyskiwała nową funkcję. Między bimę a absydę wprowadzone zostało miejsce na Arkę, która stopniowo przekształcała się w kościelną ambonę. Torę zastąpiła Księga Ewangelii, intronizowana na początku liturgii na Arce. Na bimie znajdowały się ławy dla starszych (prezbiterów) oraz katedra biskupa – zamiast synagogalnego „krzesła Mojżesza”. Ten syryjski model ukazuje, że bima odgrywała rolę miejsca, w którym zasiadali posługujący, czyli prezbiterzy. Można by więc uznać ją za prototyp prezbiterium. Ołtarz natomiast pozostawał w oddaleniu – w niszy absydalnej skierowanej ku wschodowi.
Pierwsze rzymskie bazyliki zasadniczo zachowały syryjskie rozplanowanie przestrzeni liturgicznej, wprowadzając jednak jedną zmianę: ołtarz ustawiono na bimie, pośrodku zgromadzenia, natomiast w zwieńczeniu absydy, w miejscu dotychczas przeznaczonym na ołtarz, umieszczano katedrę biskupa. Stała ona niczym krzesło ważnego dygnitarza czy imperatora. Wokół niego, jak w senacie niżsi rangą urzędnicy, zasiadali prezbiterzy, tworząc tzw. synthronon, przypominający widownię w teatrze. Biskupi byli więc uważani za wysokiej rangi dostojników państwowych, co sprzyjało narastaniu ceremoniału. Ołtarz wówczas stał pośrodku, a prezbiterzy zasiadali w absydzie.
Większość zachowanych do dziś wczesnochrześcijańskich bazylik z IV wieku nosi już ślady adaptacji wprowadzonych za pontyfikatu papieża Grzegorza Wielkiego (zm. 604). To na jego polecenie ołtarz stojący pośrodku nawy głównej w konstantyńskiej bazylice św. Piotra w Rzymie został przeniesiony nad grób Apostoła, a więc do absydy. Odtąd prezbiterium zaczęto podwyższać ponad nawę kościoła, co sprzyjało tworzeniu półpodziemnych krypt umożliwiających dostęp do relikwii męczenników.
Prezbiterium zaczęto też oddzielać od nawy i transeptu pergolą, składającą się najczęściej z czterech lub więcej kolumn osadzonych na balustradzie – na wzór bazyliki Najświętszego Zbawiciela na Lateranie. To z tego rozwiązania wykształci się z czasem wschodni ikonostas. W okresie romanizmu różnica poziomów między prezbiterium a nawami stała się na tyle duża, że kilka stopni prowadzących do ołtarza zaczęło przypominać ciąg schodów, natomiast krypty pod prezbiterium zaczęły funkcjonować niemal jako „kościoły w kościele”.
