W okresie gotyku struktura prezbiterium uległa wydłużeniu. Stalle chórowe zaczęto ustawiać wzdłuż bocznych ścian absydy, przed końcowym półkolem, w którym to lokowano ołtarz. U schyłku średniowiecza na ołtarzu pojawiła się nastawa – mniej lub bardziej rozbudowany zbiór obrazów i figur – będąca spadkobierczynią teologicznie bogatych dekoracji mozaikowych i freskowych umieszczanych w absydzie. Na przedłużeniu naw bocznych tworzono ambulatorium, czyli obejście otaczające sanktuarium, wokół którego powstawały tzw. wieńce kaplic. Niekiedy prezbiterium oddzielano od nawy poprzez lectorium stanowiące rozwinięcie dawnej pergoli. Była to drewniana ściana zdobiona małymi rzeźbionymi łukami i scenami z życia Jezusa i świętych, bardzo podobna do prawosławnego ikonostasu.
W renesansie gotyckie lectorium definitywnie usunięto, zastępując je marmurowymi balustradami. Stalle zaczęto umieszczać w przestrzeni chórowej, poza prezbiterium, choć w niektórych kościołach – zwłaszcza zakonnych – lokowano je nawet za ołtarzem głównym, tworząc specjalną przestrzeń do wspólnotowej modlitwy Liturgii godzin, oddzieloną od ołtarza prostą lub półkolistą kolumnadą.
Po Soborze Trydenckim (1545-1563) reforma katolicka przemieściła ołtarz do tylnej ściany absydy, co na stałe wypchnęło chór poza prezbiterium. Wynikało to również z nowego stylu – baroku – promowanego przede wszystkim przez jezuitów. Zakon ten zrezygnował ze wspólnej modlitwy brewiarzowej, stąd prezbiterium mogło zostać skrócone i nie wymagało już stall. W konfrontacji z protestantyzmem likwidowano ambony i miejsca przewodniczenia, skupiając uwagę wiernych wyłącznie na ołtarzu, który zaczął przyjmować coraz bardziej okazałą formę. Powstawały klasyczne, bogato rzeźbione konstrukcje z kolumnami, licznymi figurami i obrazami, mające ukazać chwałę Eucharystii. Konsekwencją tego jest współczesne mniemanie, że ołtarz główny to nie przede wszystkim stół ofiarny, na którym sprawuje się Eucharystię, ale cała konstrukcja wyrastająca ponad nim. Ostatecznie zrezygnowano także z balustrad na rzecz małych kolumienek lub pilastrów zwanych balaskami.
Od połowy XIX wieku w architekturze zaczęły dominować style historyczne (neoromanizm, neogotyk, neoklasycyzm), nawiązujące do dawnych epok. Zachowywały one jednak dekoracyjny charakter: pojawiły się eleganckie balustrady o łukowych zwieńczeniach, wsparte na kolumnach z romańskimi lub korynckimi kapitelami, a ołtarze zdobiono ślepymi arkadami.
Reforma liturgiczna Soboru Watykańskiego II przyniosła dalszą ewolucję struktury prezbiterium. W nowo projektowanych kościołach ołtarz odsunięto od ściany absydy, aby umożliwić celebrację twarzą do wiernych. Przesunięto go więc w kierunku nawy i oddzielono od tabernakulum, które wbudowywano w ścianę, umieszczano na niewielkiej kolumnie lub przenoszono do innej kaplicy. Przywrócono również ambonę jako miejsce celebracji słowa Bożego.
W kościołach, w których balaski i dotychczasowy ołtarz uniemożliwiały odprawianie mszy twarzą do wiernych, adaptacje przeprowadzano na różne sposoby. Czasem organizowano nowe prezbiterium (z ołtarzem, amboną i krzesłem dla celebransa) umieszczone przed balaskami. Zazwyczaj jednak częściowo lub całkowicie przebudowywano istniejącą przestrzeń, wznosząc nowy, wolnostojący ołtarz, pozostawiając dawny wraz z tabernakulum do przechowywania Najświętszego Sakramentu. Zdarzało się również, że nowy ołtarz powstawał przez oddzielenie mensy i frontonu od istniejącego już ołtarza, aby zachować spójność stylu całego prezbiterium – albo tworzono go od nowa w duchu nawiązującym do dotychczasowej architektury.
