Kiedy przemierzamy nawę główną, najczęściej dochodzimy do transeptu, czyli nawy poprzecznej, która odcina nawę główną od prezbiterium i tworzy oś prostopadłą do głównej osi budowli. Przecięcie naw sugeruje budowę kościoła na planie krzyża. Miejsce przejścia nawy głównej w prezbiterium tworzy ważną przestrzeń świątyni, która wyróżnia się nawet w świątyniach jedno lub wielonawowych bez nawy poprzecznej.
Na posadzce świątyni, w geometrycznym centrum wyznaczanym na początku projektowania budowli, dawniej pojawiał się omphalos, czyli dosłownie „pępek”. Nawiązywał on do kamienia stanowiącego centrum starożytnego świata (takowy miał się znajdować w świątyni Apolla w Delfach). W symbolice chrześcijańskiej omphalos wskazywał, że teraz to właśnie miejsce sprawowania sakramentów, gdzie Bóg nawiedza człowieka, stało się nowym epicentrum świata.
Dlatego też w architektonicznej bryle kościoła możemy się dopatrywać układu ciała ludzkiego. Omphalos odpowiada funkcji ludzkiego pępka, a zatem miejsca, w którym jak przez rodzicielską pępowinę Bóg udziela człowiekowi siebie i swoich darów. Dlatego niezależnie od kształtu bryły kościoła w miejscu zetknięcia nawy z prezbiterium zawsze celebruje się spotkanie Boga z człowiekiem. Tu człowiek karmi się Ciałem i Krwią Chrystusa w Eucharystii, zostaje namaszczony Duchem Świętym w sakramencie bierzmowania bądź święceń – kiedy, korząc się przed Stwórcą, składa w ofierze swoje życie, tu składa przysięgę małżeńską, przez którą dwie osoby stają się jednym ciałem. Tutaj też po raz ostatni ciało człowieka będzie uczestniczyło w ofierze przebłagalnej za popełnione w ciągu życia grzechy. To miejsce styku ludzkiego mikrokosmosu z makrokosmosem Bożym urzeczywistnionym w Osobie Boga-Człowieka.
Kiedy staniemy na końcu nawy głównej i podniesiemy wzrok w górę, zobaczymy łuk tęczowy zamykający otwór w ścianie nawy, stanowiący przewężenie do prezbiterium. Na ścianie okalającej ten otwór pojawia się ikonografia, w której dominują dwa tematy. Pierwszy to misterium wcielenia oddane przez scenę zwiastowania z postaciami archanioła Gabriela i Maryi. To sugeruje, że przed nami znajduje się przestrzeń, w której Słowo staje się Ciałem. Drugi temat to chwała Chrystusa w dość szerokim ujęciu. Może to być tronujący Pantokrator bądź Ethimasia, czyli pusty tron oczekujący na powrót Chrystusa na końcu czasów w otoczeniu czterech istot, siedmiu świeczników, archaniołów i świętych, dwunastu apostołów i dwudziestu czterech starców Apokalipsy. W tym miejscu pojawia się też czasem Maryja przedstawiana jako tron dla Syna Bożego.
W gotyckich kościołach Zachodu pod łukiem tęczowym umieszczano poprzeczną belkę tęczową, na której ustawiano grupę ukrzyżowania: krucyfiks, czyli krzyż z postacią Jezusa, i stojącą przy nim Maryję ze św. Janem Apostołem, a nierzadko także i Marię Magdalenę. W okresie baroku grupę ukrzyżowania zastąpiła scena chwały Ukrzyżowanego. Krucyfiks nie przedstawiał już historycznego momentu złożenia Chrystusa na ołtarzu krzyża, ale moment uwielbienia tego znaku męki Pańskiej unoszonego przez aniołów, wywyższonego jako cenna relikwia.
Dalej znajduje się przestrzeń sprawowania ofiary. Ikonografia przypomina zatem o ofierze Chrystusa, która przynosi Zbawienie,stąd inną nazwą dla tego miejsca jest łuk triumfalny, ponieważ w ranach Chrystusa jest nasze uzdrowienie i zwycięstwo.
